Los primeros misioneros que evangelizaron nuestro Continente, plasmaron en las distintas generaciones valores y costumbres que marcaron una identidad cristiana a través del tiempo.
La Iglesia era la Institución donde residía toda la actividad social y comunitaria de nuestros pueblos. Era un compendio de la vida y la muerte, ya registraba en forma de listas los sacramentos realizados del Bautismo, Matrimonio; también quedaba constancia las defunciones, porque en las parroquias se enterraban a los fallecidos.
A través del tiempo estos documentos que datan desde el siglo XVII en adelante y distribuidos por distintas parroquias, se fueron concentrando en la Cripta de la Iglesia Catedral.
El gran Terremoto del Año 1944 marcó un antes y un después para nuestra provincia, ya que destruyó la ciudad. La Catedral sufrió un gran deterioro por lo que toda actividad religiosa se realizaba en la plaza, instalándose de manera provisoria la biblioteca y toda la administración.
Progresivamente San Juan comenzó a resurgir de esta tragedia; durante la década de los ’70, el entonces recordado Obispo Mons. Idelfonso Ma. Sansierra ,custodiaba todos los materiales bibliográficos y de archivo, sobre todo los certificados de Bautismo, Matrimonio y Defunción de las localidades de Angaco, Valle Fértil y Jáchal que datan del siglo XVI en adelante.
Durante la década de los ’80 asume como Obispo Mons. Italo Severino D’Istéfano, pastor solícito y abnegado quien compró una casa cerca de la Catedral y allí trasladó toda la administración del Arzobispado.
El Vicario Gral. era Mons. López Soler, y el Canciller Mons. Martínez Seara; éste inició una tarea extraordinaria de ordenación y clasificación del Archivo. Bajo su supervisión y orientación delega la ordenación y control de Escribano las Escrituras de Propiedades del Arzobispado, el Pbro. Teodorico Marchetti.
En varias ocasiones algunos seminaristas solían ayudar, sobre todo el actual Pbro. Daniel Beorchia que fue Juez Delgado a cargo de la Causa de Beatificación de Mons. José Américo Orzali, Obispo de San Juan de Cuyo durante los años 1911 y 1984,juntamente con la Sra. Rosa Mabel Sánchez desde los años 1986 hasta el 2000, se abocaron a la investigación sobre su vida y obra; testimonios, recopilación de mensajes, cartas y otros escritos.
Es importante destacar que, por razones de espacio el Archivo y la Biblioteca funcionaban juntos.
Posteriormente se compra un lote al lado del Arzobispado para edificar el actual y definitivo y se traslada nuevamente toda la administración. Paulatinamente la organización de la Biblioteca queda a cargo del Pbro. Juan José García con la asistencia de bibliotecarios y auxiliares.
A partir del año 2000, al fallecer Mons. Italo S. D’Istéfano, le sucede como Obispo Mons. Alfonso Delgado Evers quien vio la necesidad de separar más específicamente documentación archivística de la bibliográfica.
A partir del año 2003 el Pbro. Daniel Navarros Correa y la Secretaria Lic. Vanesa Díaz comenzaron una labor cuidadosa de la descripción del Archivo, que es la que a continuación se detalla.
Por diversas razones no pudo continuarse esta tarea; y a partir del año 2009 bajo la iniciativa de Mons. Alfonso Delgado, reemprende esta importante labor para un mejor servicio a nuestra Diócesis.
Actualmente, el archivo diocesano está a cargo de la Hna. Adriana Benitez, vicecanciller del Arzobispado.